Kada infekcija zbog karijesa prodre u kanal korena zuba ona napreduje prema njegovom vrhu. Odavde prelazi u okolnu kost u kojoj se vremenom stvara infektivni proces. Tokom apikotomije uklanja se infektivni proces iz okoline vrha korena zuba zajedno sa vrhom korena.
Cilj apikotomije je da se ukloni zaostala infekcija u predelu vrha korena kada je to nemoguće učiniti samim lečenjem kanala korena zuba tj. endodoncijom.